婴儿出现肠道内感染主要是因为平时不注意饮食卫生，将细菌、病毒、真菌等病原微生物随着饮食等带入肠胃而引起腹泻。
婴儿出现肠道外感染多见于上呼吸道感染、肺炎、中耳炎、皮肤感染等，往往这些疾病可伴随有腹泻症状。这主要是因为发热和病原体的毒素作用使消化液分泌减少，导致肠道蠕动增强所引起婴儿腹泻。
喂养不当是造成婴儿腹泻的常见原因之一。因为在喂养婴儿的时候过多、过少，不定时，食物成分不适宜（如3个月以内喂养大量的奶糕或者脂肪等），或者突然改变食物的性质等，都可以对婴儿的肠道造成刺激，引起消化道功能紊乱而发生腹泻。
外界气温寒热变化突然，腹部受凉后使肠道蠕动增强；气温太热，导致消化液分泌减少，又因口渴而多喂乳汁等因素均可增加消化道负担，进而更容易导致婴儿腹泻的发生。
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